Papier... terminé ?

Je m'insurge, je m'indigne, je m'offusque. Tout ça en même temps. Bref je ne suis pas content.

La semaine commençait bien, par un mail sympathique m'annonçant que mon fichu article vient d'être publié. Donc dans la version papier du journal. OUI MAIS je n'ai toujours pas eu accès à la version définitive dudit papier ! Je ne sais pas à quoi ressemble cet article, au final. Ils pourraient envoyer le pdf de la version finale, non ? Ou alors m'envoyer au moins un exemplaire de la version papier, telle qu'elle sera publiée. Mais non. Alors on paie 4700 dollars de frais de publication, et pour le prix on a tout juste le droit de se connecter sur le site web de l'éditeur pour PAYER DE NOUVEAU l'accès à la revue en ligne et voir à quelle sauce ils ont arrangé mon travail ? Ah ben oui mais normalement quand on publie dans ce genre de revue, c'est parce qu'on travaille dans le domaine, le labo a donc un accès aux revues, et tu n'es pas censé payer en plus. Mais bien entendu je dois être dans le seul labo du monde à ne pas avoir d'accès bibliographique à JGR, donc forcément ça n'aide pas.

Je vous recommande donc chaudement de ne jamais publier dans Journal of Geophysical Research, et dans aucun autre journal de l'American Geophysical Union par la même occasion. C'est que des méchants. Non sérieux, ils pourraient faire un effort. Encore une fois, je me souviens du temps où publier était gratuit, facile (on ne vous embêtait pas tous les jours pour uploader texte et figures, refaire la biblio au bon format, refaire les captions et les titres des figures, etc.), rapide (là ça fait quand même plus d'un an que ça dure, l'histoire) et où en prime on recevait une trentaine d'exemplaire papier de l'article une fois publié. La prochaine fois... non il n'y aura pas de prochaine fois, je pense de plus en plus à me barrer de la recherche tant qu'il me reste une once de santé mentale. Pour faire quoi ? Oh je sais pas encore, mais je suppose qu'après une brillante trajectoire d'esclave-qui-fait-avancer-la-carrière-des-autres (ah non zut il faut dire post-doc), je ne peux pas espérer beaucoup mieux que serveur chez Mc Do.

De l'eau sous les ponts !

Et bien, ça faisait longtemps que je n'avais pas blogué ! Mais ça fait du bien, des vacances... enfin des vacances où je m'occupe, tout de même. Dans mon précédent message, je disais que je comptais être tranquille pour 4 mois côté papier... et bien non ! Vers la mi-juillet, j'ai reçu un mail pour me dire que le papier était passé par une nouvelle étape du processus de review. La balle était donc de nouveau dans mon camp. Oui parce que quand même, il y avait de nouveau des remarques... pas nombreuses, heureusement, et pas trop difficiles à prendre en compte. J'ai donc renvoyé une version modifiée au bout de quelques jours, et cette dernière a été acceptée pour publication au bout d'une semaine ! Youpla ! C'est la fête !

Et là je pensais bêtement que j'allais être tranquille pour le reste de l'été, que je comptais bien passer à glander. Quel naïf ! Sachez bien, braves thésards et post-doc qui me lisez, qu'une fois qu'un papier a été accepté, le vrai travail commence. Il faut mettre en forme la version finale, avec le .sty officiel de la revue. Ouais facile l'autre, ça peut pas être si difficile que ça. Et bien figurez-vous que si, en l'occurence il fallait passer le papier sur deux colonnes par page, ce qui fait que la moitié de mes équations dépassait soit sur la colonne d'à-côté, soit de la page. Il a fallu refaire un certain nombre de choix. Les références bibliographiques aussi, bien joué. Ils refusent d'utiliser un .bib, donc j'ai dû rentrer en dur toutes les références dans le .tex ! Et cerise sur le ponpon du gâteau, les figures. Alors là ils pourraient vraiment mieux faire. Je me souviens de mon dernier papier accepté dans JQSRT. Ils ne m'ont demandé qu'une version papier (oui, imprimé sur du papier) de ma version finale, et ils se sont occupés de tout: retaper le texte, les équations, les références biblio, et ils ont même scanné les figures. Le tout sans une erreur, et très rapidement. Mais là pas question d'envoyer du papier, c'est une revue sérieuse et moderne, où on n'utilise pas de cellulose ! Donc j'ai du envoyer un par un les 41 fichiers correspondants aux figures de l'article. Manque de bol, avec le .tex ça faisait 42 fichiers, et sur le site de soumission finale, il n'était possible d'uploader que 40 fichiers maximum. Donc j'ai été obligé de tricher en regroupant des figures, c'est horrible mais pas le choix. Il a fallu renommer toutes les figures selon une nomenclature assez barbare, passer tous les fichiers en .eps (eh non, un "convert" n'a pas suffi), à la bonne résolution; etc. Je ne parle même pas de la couleur, je ne sais pas ce qui va se passer pour les figures en couleur. Et finalement, cliquer et cliquer encore pour envoyer chaque fichier, sans se tromper hein, le lien d'upload ne pouvait fonctionner qu'une seule fois dans toute l'histoire de l'Univers !

Mais bon finalement je triomphais, je vainquis, je survécus. Et une fois que tout fut terminé, et bien il a encore été nécessaire de tout vérifier. Sans qu'à aucun moment je n'ai eu accès au document complet et final ! Donc je sais que mon papier est accepté, mais je ne sais pas encore à quoi il va ressembler. Jusqu'au bout, le stress. Mais bon, je ne me plains pas, dans cet invraissemblable plat de nouilles numériques où on ne sait plus sur quoi il faut cliquer au bout du compte, il reste des humains de l'autre côté, c'est le seul point rassurant. Et des gens compétents, s'il vous plait ! Je suppose qu'à l'autre bout de la ligne, une fois que les machines ont bien fait leur boulot hyper compliqué de rassemblement automatique des informations, mise en forme automatique, vérification, etc., les vrais humains qui sont de l'autre côté ont au moins autant de travail que moi pour tout remettre dans l'ordre et sortir quelque chose de publiable. C'est vraiment rassurant, ce "tout automatique".

Si je comprends bien, dans l'état actuel des choses, il ne me reste qu'une seule étape importante dans ce -- difficile et douloureux -- processus de publication: fêter la sortie du papier ! Ce qui ne manquera pas d'être fait dans les formes à Roffiac, quand tout le monde sera là. J'en profiterai pour faire un peu le bilan, comme je le suggérais dans un message antérieur, du nombre d'heures de travail associées à ce papier, et à son "empreinte carbone" comme il faut dire pour être à la mode. Ca promet d'être intéressant !

Le petit papier est parti

ENFIN ! Là je dis ouf. J'allais finir par en avoir assez. Surtout que bravo le coup des deadlines ! Non mais c'est la première fois que je vois ça, un éditeur qui ne te laisse qu'un mois pour modifier le papier qu'on lui envoie (et au passage, il a fallu 4 mois pour faire les reviews), sachant que tu as une liste de 84 (oui quatre-vingt quatre, vous lisez bien) remarques. Dont certaines qui demandent de reprendre la structure même du papier pour être prises en compte.

Alors j'aurais pu choisir de l'envoyer dans une revue "online", le papier. C'était d'ailleurs ma réaction première. Mais on me dit que ça ne fait pas sérieux, qu'il est nécessaire que ce papier soit publié dans une bonne revue parce qu'il constitue le point de départ de tout un travail. OK, je veux bien. Donc on reprend tout. Et on change tout. Ce qui signifie refaire tous les calculs que j'avais fait pénard il y a deux ans, mais là dans l'urgence, pour tout de suite, voire pour la semaine dernière. Je me suis retrouvé à jongler entre trois machines de calcul pour terminer à temps !

Finalement, trois reports de deadline plus tard, on l'a achevé, la version modifiée. Au final, c'est un tout nouveau papier. J'ai stressé comme un fou jusqu'à la dernière minute, parce qu'entre les modifications des uns et des autres, je finis par ne plus savoir ce qu'il raconte, ce fichu papier. Paraît-il qu'il est très bien, maintenant.

Moi, la seule chose que je vois, c'est que je suis tranquille pour 4 mois de nouveau. Ensuite, on verra bien ce qu'on nous dit. Bon pour le coup, je peux enfin travailler et me remettre à mes petits photons. Tiens, des photons visibles, pour une fois. Et des U.V. aussi, si j'arrive à calculer leur spectre.

Vénus

Bon allez je m'y recolle, c'est bientôt le week-end et sa cohorte de nuages pluvieux, je me sens d'humeur à bloguer (blogger ?)
Aujourd'hui le thème c'est Vénus. Alors Vénus, je sais pas ce que ça vous évoque, mais si je ne faisais pas ce boulot de m***e, moi l'image que j'en aurais c'est cette image (celle qui est jointe au message). Franchement, elle est pas superbe, cette image ? Un caillou qui passe entre le soleil et la Terre, et on peut même le photographier avec un télescope (et un appareil photo) depuis chez nous, ou depuis la station spatiale internationale, ou depuis un télescope spatial, allez savoir. Pendant ces moment là, on peut (presque) la voir à l'oeil nu, se représenter son déplacement dans l'espace, et finalement, elle n'est pas si loin que ça, cette "soeur jumelle" . On en aurait presque une larme d'émotion, à bien y penser.
L'image présente est d'ailleurs doublement magnifique, elle est si nette qu'on voit les détails de la surface du soleil et si on regarde bien, il y a une partie de Vénus qui se retrouve en dehors du disque solaire, donc logiquement on ne devrait pas la distinguer du reste de l'espace, mais ô magie quelques photons patiemment élaborés par le soleil sont pris par l'atmosphère, diffusés (ça je sais, ce sont MES petits photons, ceux que je dompte !), et renvoyés pile dans l'objectif de l'appareil photo, ce qui permet de "voir" le haut de l'atmosphère, complétant ainsi le disque de Vénus.
Mais ce n'est pas la vision que j'en ai, du moins plus maintenant, malheureusement. J'en viens même à la maudire, cette saleté de planète. Car quand j'ouvre le dossier "papier Vénus", je constate que la première version que j'ai écrite (j'en suis maintenant à la version 9), qui s'appelait "version alpha" à l'époque, date... mais oui, du 15 juin 2006. Et à l'époque, c'était déjà une version avancée, vu que j'ai jugé nécessaire de faire une sauvegarde. Ca faisait donc au moins deux ans que j'y travaillais, à ce papier. Donc si je fais le compte, on doit en être à 5 ans de rédaction. Le document pdf actuel fait plus de 60 pages. Depuis, deux soumissions, et d'innombrables modifications.
Alors normalement, je vous rassure, ce n'est pas comme ça que la recherche fonctionne. La tendance actuelle est plutôt à faire sortir un maximum de papiers, plusieurs par an de préférence. Donc il faut des papiers courts. Et pour faire court, cherchez pas, il n'y a pas besoin de faire compliqué, il suffit de quelques pages pour montrer comment on pourrait (si on avait le temps) améliorer tel ou tel aspect d'un sujet de recherche ancien. Je vais donc à contresens de l'évolution actuelle de la recherche. Parce que figurez-vous, que Vénus, on sait toujours pas comment ça marche ! Et pourtant, elle continue de super-tourner (oh l'autre !).

Mais en plus, si ça intéressait du monde. C'est ça le plus fort ! Il n'y a que quelques spectroscopistes de par le monde qui s'intéressent encore à Vénus, plus des gens qui ont publié sur le sujet dans les années 60, qui ne sont donc plus très nombreux, et qui se permettent de juger mon papier en me disant "ce machin là c'est pas trop clair, ok on a les références mais il faudrait plus détailler ce qui se passerait si on modifiait telle variable de 0,1%" quand il y a tellement de trous, de raccourcis et de non-dits dans leurs propres papiers qu'ils en sont incompréhensibles -- raison pour laquelle on passe ensuite des années à tout refaire puisqu'on n'a plus confiance en rien.
La seule chose qui fait que je continue de travailler sur cet article (auquel je ne peux plus penser sans avoir la migraine, oh mince j'ai écrit ça tout haut ?) c'est que je n'aime pas abandonner. Comme l'a suggéré Benjamin, quand ce fichu papier sera accepté (il le sera bien un jour, non ?) il faudra que je calcule quel a été le coût en temps de travail. Et comme c'est à la mode, je calculerai également le coût en CO2 émis, en tenant compte du temps de travail devant un PC allumé pour la mise au point des divers programmes, la réaction du papier en lui-même, et bien entendu le temps de calcul de toutes les simulations ! J'ai sans doute le papier le plus polluant (par auteur) de l'histoire de la recherche.

les petits photons, suite

Jour faste ! Ma première simulation à 100 millions de trajectoires, sans une seule erreur. Aucun de mes petits photons ne s'est planté. Après deux semaines de tête-à-tête avec le code, et je suis passé de quelques erreurs par million à quelques erreurs par dizaine de million, pour arriver à un maximum de trois erreurs par centaine de million... et enfin, à plus aucune erreur par centaine de million. Comme quoi, ça a du bon de prendre une heure pour aller promener bébé Maléfica, l'air frais ayant tendance à débloquer les situations inextricables.

Résultat à pondérer par la tendance naturelle de la méthode de Monte-Carlo à produire des erreurs de plus en plus rares, mais de plus en plus tordues et difficiles à comprendre. Donc je n'exclus pas la possibilité d'une nouvelle erreur tous les milliards de générations aléatoires. Mais pour une fois, j'ai un temps d'avance ! Jusque là, je me contentais de reparer les problèmes, pour la première fois j'ai écrit une procédure pour palier à d'éventuelles futures erreurs qui ne se sont jamais produites encore. Et puis quand on commence à sortir des "bugs" de programmation pure pour raisonner au niveau des méthodes numériques, voire des modèles physiques, on a tendance à avoir des pensées du genre "je tiens le bon bout".

Bon, je vais enfin pouvoir me reposer un peu... ah ben zut, les vacances sont terminées ! Où est-ce que je me suis fait avoir ?

Salopiauds de photons !

Ils m'éneeeeeeervent ces photons ! Y'en a toujours un sur un million qui va se fourrer dans un coin de la géométrie, et qui n'arrive pas à en sortir. Et vas-y que je me plains: erreur, ma direction de propagation ne correspond pas à une direction d'entrée dans la boîte; erreur, je ne trouve pas d'intersection avec cette boîte; erreur je te dis, je ne suis pas dans une boîte, au secours, je ne sais plus où je suis, maman je suis perdu, et plantage total du code qui tourne depuis 3 heures sans un accroc.

Tans pis, j'y mettrai le temps, mais j'arriverai à les dresser, ces minuscules particules récalcitrantes qui, il faut bien l'avouer, font preuve d'une mauvaise foi sans bornes. Bon ok, j'ai aussi la solution de les supprimer, vu que maintenant je les détecte. Mais c'est une question d'amour-propre aussi, j'ai déjà passé tant d'heures à écrire ce code et à le débugger (plus de 27000 lignes de code maintenant, dont 60% au moins de commentaires et de lignes de debug) que je ne supporte plus ces évèvements rares qui font planter toute ma belle mécanique !

Affaire à suivre !

Séminaire Odeillo

Notre premier séminaire au four solaire d'Odeillo ! La seule chose qui manquait, il faut bien le dire, c'était le soleil. L'année prochaine, il faudra organiser la même chose, mais en juillet. Non je plaisante, on a déjà Roffiac où il fait toujours beau, il faut bien profiter aussi un peu de la neige. D'ailleurs ça ne ressemblait pas vraiment à Roffiac, tout était bien trop parfait. Pensez, un véritable hôtel réservé à l'avance, et dans les matelas, aucun insecte qui vient vous piquer pendant la nuit. Cantine et restaurants également réservés, pas besoin d'aller pêcher truites et champignons pour assurer sa subsitance ! Des vrais tableaux, un vidéo projecteur, réseaux wifi et GSM. On reviendra ! Non vraiment, il ne manquait qu'une toute petite chose pour surpasser Roffiac: une plage de temps réservée pour une randonnée. Et s'il avait été possible de perdre un ou deux thésards dans les bois, la semaine aurait été parfaite. Mais d'après ce que j'ai compris, c'est notre faute, on a été trop sérieux, puisque Cyril comptait sur le fait qu'on sèche de nous-même pour aller se balader.